Dalam permainan Pixelmon, kau akan berubah menjadi pahlawan pemberani. Misi hidupmu adalah menangkap makhluk pixel langka. Berdasarkan itu, kau bisa membangun pasukan yang kuat untuk melawan kekuatan kegelapan. Mereka adalah entitas kuat terikat dengan legenda abad pertengahan. Pemain harus melakukan yang terbaik untuk melawan mereka. Sumber daya perlu dieksploitasi secara teratur. Pemain juga harus mengambil keuntungan dari sistem perkembangan otomatis bahkan ketika offline. Anda dapat terus-menerus upgrade keterampilan skuad tentara bayaran kecil Anda. Para prajurit kecil ini bisa berkembang ke tingkat yang tak terduga. Anda dapat menggunakan waktu luang Anda untuk memberikan mereka kekuatan yang luar biasa.