Dia berubah menjadi gadis ajaib setelah mendapatkan keinginannya satu-satunya, dan dia akhirnya harus menghadapi penyihir. Kanhama melayani sebagai latar belakang untuk semua tindakan ini berlangsung. Ada awal aksi di sana. Setelah berkonsultasi satu sama lain, para gadis ajaib menyimpulkan bahwa mereka akan melanjutkan pertempuran mereka melawan para penyihir. Apakah mungkin bahwa Ui tidak akan ada lama? Kaniroha adalah gadis ajaib yang mencari bukti bahwa adiknya ada untuk mendukung klaim yang dia buat. Kau bisa menyelamatkan Tn. Kaname jika kau bisa memecahkan misteri yang telah menelan kota ini. Akemi Homura, gadis ajaib, telah ditugaskan untuk menyelamatkan anggota keluarga atau teman. Pikiran gadis-gadis ajaib 'bergabung, dan sinar baru harapan muncul. Sebagian besar kejadian dalam cerita ini terjadi di alam semesta paralel ke Puella Madoka Magica. plot mengikuti sekelompok gadis-gadis ajaib karena mereka bepergian ke kota yang sibuk Kamihama untuk menempatkan diri mereka untuk menguji terhadap kekuatan aneh dipegang oleh penyihir yang tinggal di sana. Iroha Tamaki baru saja tiba di kota mencari adiknya Ui dan memutuskan untuk membantu gadis-gadis dalam pencarian mereka. Kemudian, tidak lama setelah itu, Homura Akemi muncul.
Cerita akan terus berlanjut, dan untuk melakukannya, kita akan mengumpulkan tim pejuang perempuan yang tangguh. Sebuah pertempuran yang berat pada strategi dan menggabungkan elemen seperti pembentukan mantra, keterampilan, dan sihir akan dibebaskan dengan bantuan metode baru untuk memilih perintah dikenal sebagai disk (gerakan khusus). "Iroha" adalah karakter yang paling penting dalam cerita pengembangan plot. Peristiwa "cerita lain" melibatkan berbagai sejarah alternatif serta wanita diberkahi dengan kemampuan magis. Setiap dari mereka akan mengatakan "Gadis Ajaib" miliknya. Akan ada lebih dari 80 gadis ajaib yang berbeda jika mereka bertiga dihitung.